De Diaconie, een begrip dat de hulp of omzien naar mensen in nood beoogd, speelt in op de noden van mensen dichtbij (diaconaat) en ver weg (werelddiaconaat), als opdracht vanuit de bijbel, waarin zorg en aandacht voor de medemens alles te maken heeft met de manier waarop Jezus 2000 jaar geleden het voorbeeld gaf door te leven en werken in dienst van de meest kwetsbaren.

Het diaconaat wordt in de praktijk gebracht door het verlenen van concrete individuele hulp en door samen met anderen telkens weer nieuwe initiatieven te ontwikkelen om hulp te geven aan diverse doelgroepen (Vluchtelingenwerk, Inloophuis Psychiatrie, opvang voor dak- en thuislozen, Sociaal Pension, Straatpastoraat, Gezondheidszorg Illegalen Leiden, Stichting Uitgeprocedeerde Vluchtelingen en andere Vreemdelingen, Exodus Leiden, Voedselbank Leiden e.o., Stichting Vrouwennetwerk Leiden en Stichting De Werkwissel).

Daarnaast ondersteunt het diaconaal centrum diverse plaatselijke en landelijke campagnes (zoals Leiden Stad van Vluchtelingen, Colour Your Mind, Kerkennacht, Open Monumentendagen, Charter for Compassion, de Freedom Walk, Songs of Freedom, de Vredeswake en Internationale Vrouwendag).

Daarnaast wordt er tijdelijk steun gegeven aan, voornamelijk lokale, projecten, via het Leids Diaconaal Project, dat een bestemming geeft aan de opbrengst van de (voorheen avondmaals) collecten, die gehouden worden in de wijken van de Protestantse Gemeente Leiden en parochiekernen van de HH Petrus & Paulus Leiden e.o.

In voorgaande jaren was de opbrengst van het Leids Diaconaal Project o.m. bestemd voor:

• Wij sluiten niemand buiten, 2025-2027, met lokale maatjesprojecten, ontmoetings-initiatieven en verbindende activiteiten.
• Moestuin BijMei en de Groentedeler die clienten van de Voedselbank voorziet van groente van BijMei. 2023-2024
• Schoon Water 2022
• Diaconaal jongerenproject M25 Leiden, dat jongeren tussen 12 en 17 jaar uitdaagt en ondersteunt om zich in te zetten voor kwetsbare groepen in de samenleving.

De Diaconie doet haar werk in samenwerking met de diaconieën van de wijkgemeenten van de Protestantse Kerk in Nederland (PKN) in Leiden. De diaconie van de Ekklesia, de diaconie van de Waalse Kerk in Leiden en het Apostolisch Genootschap nemen deel aan de diakenvergaderingen van de Diaconie Protestantse gemeente Leiden. In november 2010 werd daarnaast ook een formele samenwerkingsovereenkomst getekend met de RK Diaconie Leiden.
Het werk wordt gefinancierd uit de diaconale collecten in de kerkdiensten, uit giften, legaten en schenkingen, uit de rente en verhuur van de bezittingen en ondersteuning door diaconieën uit de regio en locale, regionale en landelijke fondsen. De Diaconie Protestantse gemeente Leiden wordt niet gesubsidieerd.

Het team van De Bakkerij bestaat uit een coördinator, een diaconaal werker, een concierge, financieel administrateur, een office manager, een projectmedewerker voor het jongerenproject M25 Leiden Regio, een projectmedewerker voor het project Oma gaat op stap.